FEI dlouhodobě spolupracuje s předními univerzitami a výzkumnými institucemi po celém světě. Mezi její nejvýznamnější partnery patří:
- Austrian Institute of Technology,
- Delft Technical University,
- ETH Zurich – Microrobotics,
- Fraunhofer-Gesellschaft,
- Graz University of Technology,
- Medical University of Vienna,
- Nanyang Technologial University,
- Princeton University,
- Ton Duc Thang University,
- Torrens University Australia,
- Université de Toulouse,
- Université Grenoble Alpes,
- University of Alberta,
- University of Aveiro,
- University of California,
- University of Cambridge,
- University of Minnesota Duluth,
- University of Texas at Arlington.